საბჭოს აპარატში სამსახურის გავლის სამართლებრივი საფუძვლებია საქართველოს კონსტიტუცია, საერთაშორისო ხელშეკრულებები და შეთანხმებები, „ეროვნული უსაფრთხოების პოლიტიკის დაგეგმვისა და კოორდინაციის წესის შესახებ“ და „საჯარო სამსახურის შესახებ“ საქართველოს კანონები, სხვა კანონები,   კანონქვემდებარე ნორმატიული აქტები, პრემიერ-მინისტრის და პრემიერ-მინისტრის თანაშემწის  სახელმწიფო უსაფრთხოების საკითხებში - სახელმწიფო უსაფრთხოებისა და კრიზისების მართვის საბჭოს მდივნის (შემდგომში - საბჭოს მდივანი) სამართლებრივი აქტებ