სამინისტროს სტრუქტურული ერთეულებია:

ა) ადმინისტრაციული დეპარტამენტი;

ბ) საფინანსო და საბუღალტრო აღრიცხვა-ანგარიშგების დეპარტამენტი;

გ) სამართლებრივი უზრუნველყოფისა და სახელშეკრულებო მონიტორინგის დეპარტამენტი;

დ) შიდა აუდიტის დეპარტამენტი;

ე) საბიუჯეტო დეპარტამენტი;

ვ) ეკონომიკური განვითარების დეპარტამენტი;

ზ) საინვესტიციო დეპარტამენტი;

თ) ქონების მართვისა და პრივატიზების დეპარტამენტი;

ი) სივრცითი მოწყობისა და ტექნიკური ზედამხედველობის დეპარტამენტ